衣原體是出名的性傳播致病菌，能引起急性或慢性感染。在男性表現為、附睪和直；女性則表現力、、尿道綜合征以及癥性疾病。
    衣原體的發病在規定報告的地方、在那些經常開展普查的高危人群中及有可靠實驗室檢查的地方較多。在西方工業化國家，這種普查相當普遍。衣原體是最常見的可治愈的性傳播疾病。在美國每年報告起碼有400萬病例，歐洲也起碼有300萬病例。亞洲的數據不太完整,但也足以證明在男性和女性尿道炎致病菌中,衣原體要比淋球菌更為常見。
    發病率數據還未包括許多無癥狀性衣原體感染。在西方估計有25-30%的男性衣原體尿道炎是無癥狀或亞臨床的，而7O-80%的女性衣原體宮頸炎亦是如此。對這么大量的匿性傳染貯源必須予以治療并且根治，以杜絕感柒在社區中的傳播。
    女性中隱匿性宮頸炎可以上行到上生殖道而導致并發癥。的確，衣原體性內膜和輸卵管感染很大部分是
    亞臨床的。隱匿性輸卵管感染據認為是輸卵管性的最因，在北歐和美國已得到有關數據的證實。衣原體在輸卵管性不孕癥中的作用，可以從先前感染史中得到證實。許多研究表明，在有輸卵管疾病的不孕婦女中，血清抗原陽性率最著高于輸卵管無損傷的婦女。
    雖然在輸卵管活檢標本中很少分離到衣原體，但衣原體抗原和核酸檢查卻己證實內膜組織中存在衣原體。在這些培養陰性但抗原陽性的病例中，輸卵管慢性炎癥不可能是由于先前已經根治的感染所遺留的非復制性抗原所造成的。更有可能的是衣原體以非培養的形態殘留于組織中，但仍具有活性并且能誘發免疫病理變化。
    衣原體的殘留己在不同的細胞培養系中得到證實。沙眼衣原體有獨特的生命周期，具有兩種截然不同的形態和功能：原體(EB)和網狀體(RB)。EB是感染相，攻擊宿主細胞并進入細胞內。一旦進入宿主細胞后，就寄居在小泡內，外由通過溶酶體小囊防止溶解的包膜包裹。然后，它轉化成具有代謝活性的微粒RB，開始生產蛋白和核酸，并通過二分裂復制。隨著反復的復制，核內體擴展成為顯微鏡下可見的包涵體。在這個通常48-72小時的周期末，RB轉化為多個EB，并通過細胞溶解而釋放出來，去感染其它細胞并重復一個周期。